Во почетокот се сметало дека маргаринот е корисен затоа што има поголема содржина на полинезаситени масни киселини од путерот. Некои видови на маргарин имаат П / С однос поголем од 4,0. Меѓутоа, поголем број на маргарини не претставуваат природни производи. Овие популарни производи типично се создадени од растителни масла, како што е пченкарното масло,кое се загрева под притисок за да може делумно да се хидрогенизира ( засити) и на тој начин да стане размастено, цврста маст на собна температура.
Процесот на хидрогенизација ги менува одредените масти во растителното масло менувајќи го микроскопскиот облик на молекулата на мастите. Нормално масните киселини ( градбените блокови на мастите) се наоѓаат во природата во чист облик, што означува тродимензионален изглед на молекулата. Процесот на хидрогенизација ги менува некои од овие молекули во транс облик. Масните киселини во транс обликот ,за разлика од чистиот облик, значајно го зголемуваат серумскиот холесторол и ЛДЛ, иако се полинезаситени. Овој пораст на холесторолот е во врска со ефектот на маргаринот на ризик од срцеви болести измерен во осум годишно истражување на Харвард. Исто така, е докажано, дека транс масните киселини предизвикуваат рак.
Сите овие факти укажуваат дека би било подобро да користите путер од јаткасто овошје, како што е путерот од бадеми со леб, наместо маргарин. Друга замена би била масло од канола (семе на репката) или маслиново масло. Двете овие масла можат да се мачкаат на леб. Во истражувањето на корисниците на маргарин кои пристапиле да го заменат маргаринот со масло од семе на репката или маслиново масло, дошло до јасен пораст на ХДЛ нивото како и поволно благо намалување на ЛДЛ.